Das Erstbauwerk der Alsenbrücke wurde 1906 mit dem Bau des Prinz-Friedrich-Leopold-Kanals (heutiger Griebnitzkanal) errichtet. Der Kanal verbindet hier den Stölpchensee mit dem Pohlesee. Namensgeber für die Brücke war die Colonie Alsen, die das Bauwerk mit der Kolonie Neubabelsberg verband.
Von 1995 bis 1998 wurde das Bauwerk im Auftrag der Senatsverwaltung für Bau- und Wohnungswesen durch einen Neubau mit höherer Tragfähigkeit und vergrößerter Fahrbahnbreite ersetzt. Das Gesamterscheinen der neuen Brücke wurde dem Vorgängerbauwerk angepasst. Die Gestaltung der Gesimse und Geländer wurde so angelehnt an die ehemaligen Jugendstil-Elemente, auch mit gusseisernen Laternen (Schinkelleuchten), übernommen.