Infolge des Bombardements und des nachfolgenden Stadtbrandes vom 16. März 1945 verbrannte die ehemalige glanzvolle Innenausstattung mit Holzaltären, Chorgestühl, Skulpturen- und Gemäldeschmuck, Kanzel und Orgel. Nach dem Wiederaufbau wirken die kühle Proportion und helle Weite der wuchtigen Architektur Petrinis beeindruckend. Als Ersatz für den vernichteten Hochaltar der Kirche wurde im Jahr 1964 das monumentale Ölgemälde der Kreuzigung Jesu (9 m × 5,5 m) des Venezianers Jacopo Tintoretto aufgestellt, welches im Jahr 1585 für die Münchener Augustinerkirche geschaffen worden war.