La Loue est en réalité au moins en partie une résurgence du Doubs.
Ceci a été découvert en août 1901 lorsque les usines Pernod de Pontarlier brûlèrent après avoir été frappées par la foudre le 11 août 1901. Ces usines fabriquant de l'absinthe hautement inflammable, les pompiers déversèrent dans un puits perdu 600 000 litres du spiritueux. Le surlendemain, on retrouva des traces d'absinthe et de colorant jaune doré aux reflets verts dans la Loue. Cela fut confirmé par les savants spéléologues Édouard-Alfred Martel et Eugène Fournier qui, ayant remarqué une faille sur le cours du Doubs en aval de Pontarlier, y jetèrent un puissant colorant vert. Quelques jours plus tard, la Loue était colorée de ce même vert.