Il fulcro della vita religiosa di Castel Seprio si concentra principalmente nella zona occupata dal complesso basilicale di San Giovanni collocato in una posizione centrale del castrum.
Esso è costituito da:
A- Basilica di S. Giovanni Evangelista, edificio a pianta rettangolare suddiviso in tre navate (14x22m), segnato da paraste e datato al VI/VII d.C. secolo. In un secondo momento è aggiunta l’abside centrale (fine del VI secolo) e in epoca carolingia l’absidiola meridionale.
B- Battistero dedicato a S. Giovanni Battista del V-VI secolo d.C., a pianta ottagonale (lati di m 3 ca. per uno spessore 0,75 m) con absidiola ad est costruita in una seconda fase. In origine edificio indipendente, è raccordato in seguito alla Basilica con un andito che immette nella navata di sinistra. Presenta eccezionalmente i resti di due vasche battesimali: quella ottagonale ad immersione conserva ancora il rivestimento marmoreo ed è databile forse al V/VI sec. d.C., l’altra, circolare, realizzata in laterizi rivestiti da lastre marmoree con pavimentazione in cocciopesto, un serbatoio.
C- Torre a destra dell’absidiola faceva parte insieme a quelle di nord-ovest e di nord-est della prima postazione militare (IV/V sec. d.C.?)
D- La cisterna rettangolare, contigua al lato meridionale della Basilica ha copertura e un piano pavimentale in cocciopesto impermeabile. All'esterno sul lato occidentale si apre un pozzo ad essa collegato da un'apertura ad arco oltrepassato già murata al momento della scoperta.

Tombe, sono state rinvenute dentro e fuori della basilica e della torre campanaria sul lato Sud e dietro le absidi.
L’area della basilica è stata oggetto di numerose indagini, sempre limitate a singole parti dell’edificio o a porzioni dei terreni adiacenti.
I primi interventi (1946-1958) sono riferibili all’opera di disboscamento e di pulizia dell’area del castrum ad opera di M. Bertolone in collaborazione con M. Mirabelli Roberti.
Tra il 1962 e il 1963 una missione archeologica di studiosi polacchi effettua scavi nell’area interna ed esterna alla torre. Negli anni compresi tra il 1965 e il 1978 A. Dejana e C. Mastorgio indagano l’area absidale della basilica (che restituisce anche materiali protostorici), il cimitero e il pozzo; tra il 1977 e 1981 l’Università Cattolica di Milano (G.P. Brogiolo, S. Lusuardi Siena, M.P. Rossignani) l’area tra la cisterna e la torre. Le ultime campagne di scavo sono condotte nell’area della Basilica tra il 2005 e il 2007 da A. Surace.

Fonte Parco archeologico di Castelseprio e Torba