Die Geschichte des Klosters reicht weit zurück, möglicherweise bis ins 9. Jahrhundert. Eine Entstehungslegende beschreibt (wohl vor dem Hintergrund der als Byzantinischer Bilderstreit bekannt gewordenen Streitigkeiten), dass eine Symiotin in der Bucht des heutigen Klosters unter einem Mastixstrauch eine Ikone vom Erzengel Michael fand. Sie nahm die Ikone an sich, brachte sie heimlich nach Hause und stellte die Ikone zuhause auf. Am nächsten Morgen war das Bild jedoch verschwunden. Als die Frau später wieder in der Bucht war, fand sie unter exakt demselben Strauch die Ikone wieder, nahm sie abermals an sich und stellte sie wieder zuhause auf. Am Tag darauf, war das Bild jedoch wieder verschwunden. Sie ging zurück zur Bucht und sah unter dem Mastix nach, und wieder stieß sie dort auf die Ikone. Ein drittes Mal nahm sie diese mit in ihr Haus und stellte sie auf. Aber auch am Morgen danach befand sich die Ikone nicht mehr an ihrem Platz. Die Frau des Hauses sorge sich nun ob dieser wundersamen Geschehnisse sehr. Da erschien ihr im Traum der Heilige Erzengel Michael und teilte ihr mit, dass seine Ikone in dieser Bucht bleiben solle. Die Frau organisierte sich Hilfe und es wurde eine erste kleine Kapelle gebaut, dem Heiligen Erzengel Michael geweiht, die Ikone wurde dort platziert, und nun blieb sie auch dort. Und ihre Wundertätigkeit wurde entdeckt und bekannt. Aus dieser Kapelle entwickelte sich dann das mächtige Kloster Panormitis. Die Existenz des Klosters ist im 14. Jahrhundert belegt und in einer Handschrift von 1460 wurde das Kloster erstmals urkundlich erwähnt. Diese Handschrift ist aber seit 1862 verloren. Das Kloster wurde dann immer wieder durch Sarazenen und Piraten zerstört und geplündert. 1775 traf der Mönch Neophytos in der Bucht von Panormitis ein und fand das Kloster weitgehend zerstört vor. Er setzte es sich zum Ziel das Kloster wieder aufzubauen und tatsächlich wurde das Kloster wieder aufgebaut, 1783 die Kirche fertig gestellt, und die Anlage erhielt langsam seine heutige Gestalt. Die geschnitzte Ikonostase wurde 1787 fertig, Fresken im Inneren der Kirche sind von 1792. Der Glockenturm wurde 1911 fertig. Ab 1922 beherbergte das Kloster das Gymnasium von Symi, später wurde es auch zum Altersheim. Heute ist das Kloster ein regionales religiöses und kulturelles Zentrum, das weit über die Region hinaus strahlt.
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