Der früher wichtige, von einer Renaissancekirche und einer Burgruine überragte Handelsort ist heute mit seiner schönen Lage am Luganersee, seinen Palazzi, einer monumentalen Kirchentreppe mit 404 Stufen, dem berühmten Friedhof, den Arkaden an der Uferstrasse und dem Parco Scherrer nicht nur ein touristisches Ziel, sondern mit dem Ortsteil Arbostora seit über dreissig Jahren ein gesuchtes, sich bis an seine naturbestimmten Grenzen ausdehnendes Wohngebiet.

Erstmals urkundlich erwähnt findet sich Morcote im Jahr 926 in der Phrase habitator in Murcao. Der Ortsname geht vermutlich auf das lateinische Adjektiv muricatum «gemauert, mit einer Mauer umgürtet» zurück.

Die über Morcote gelegene, heute noch als Ruine existierende Burg diente im Hochmittelalter der Überwachung des Seeverkehrs. 1422 erhielt die Gemeinde vom Herzog von Mailand das Selbstverwaltungsrecht (Wahl des Potestaten), Fischerei- und Marktrechte sowie die Befreiung von gewissen Zollsteuern. Im Pestjahr 1432 überlebten am Ort nur gerade sieben Familien.

1517 wurde Morcote von den Eidgenossen erobert und der Vogtei Lugano zugeteilt; seine gerichtliche und steuerliche Autonomie sowie das Fischereirecht auf dem ganzen See blieben aber unangetastet. Eine selbständige Pfarrei wurde Morcote 1583. 1623 gründete der Architekt Giuseppe Fossati die Scuola dei comacini morcotesi, die 1902 durch eine kommunale Zeichenschule abgelöst wurde. Bei einem Erdrutsch 1862 versanken sieben Häuser im See. Im ausgehenden 19. Jahrhundert gründete Franchina Rusca (1837–1901), ab 1864 mit Giovanni Caccia († 1877) verheiratet, in Morcote das Istituto Caccia-Rusca, ein Alterheim für die Einwohner von Morcote und Umgebung sowie von Bioggio.

Seine wirtschaftliche Grundlage im Spätmittelalter und in der Frühen Neuzeit waren Fischerei, Landwirtschaft und Seehandel sowie die Geldüberweisungen der nach Italien ausgewanderten Künstler. Bis zum Bau des auch als Ponte Diga bekannten Seedamm von Melide im Jahr 1847 war Morcote ein wichtiger Warenumschlagsplatz und der grösste Hafen am Luganersee. Die Waren auf der Verbindungsroute zwischen dem Kanton Tessin und Norditalien wurden in Morcote auf Schiffe umgeladen und über den See gebracht. Seit dem 19. Jahrhundert lebt Morcote zunehmend vom Tourismus, wozu noch Kunsthandwerk und Weinbau kommen.

2016 wurde Morcote zum „schönsten Dorf der Schweiz“ gewählt.
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