Eine erste Kapelle ist beurkundet anno 1360. Die zweite Gnadenkapelle wurde 1585 erbaut. 1635 - vom Bauerbach zerstört - wurde eine neue Kirche erstellt am Platz der heutigen Kirche. 1807 beschloss die Dorfgemeinde den Neubau von St. Idda, der schliesslich von 1808 - 1812 erfolgte. Die feierliche Einweihung fand hingegen erst am 26. Oktober 1821 statt.

Erwähnenswert ist, dass bereits 1561 ein Idda-Patrozinium belegt ist, während solches bis etwa 1580 sonst nur aus Fischingen bekannt ist. Damit ist die Bauer Pfarrkirche wohl das älteste Idda-Patrozinium ausserhalb von Fischingen.