L'interno è stato notevolmente modificato nel XVII-XVIII secolo, anche se ha mantenuto l'originale pavimento cosmatesco della navata centrale. Un'altra sopravvivenza è l'abside affrescata con quattro Scene della vita della Vergine Maria, iniziata nel 1467 da Filippo Lippi e completata due anni dopo dai suoi allievi Fra' Diamante e Piermatteo Lauro de' Manfredi da Amelia. Lippi è sepolto nel braccio sud del transetto.

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The interior was significantly modified in the 17th–18th centuries, though it has kept the original Cosmatesque floor of the central nave remains. Another survival is the frescoed apse with four Scenes from the Life of the Virgin Mary, begun in 1467 by Filippo Lippi and completed two years later by his pupils Fra' Diamante and Piermatteo Lauro de' Manfredi da Amelia. Lippi is buried in the south arm of the transept.