Vue depuis Saint Florent le Vieil.

L'abbaye est endommagée lors des Guerres de religion. Au XVII siècle, l'abbaye passe sous le contrôle de la Congrégation de Saint-Maur qui reconstruit la totalité du monastère et une partie de l'abbatiale. La reconstruction respecte « les principes mauristes de commodité, solidité et sobriété ».

Lors de la Guerre de Vendée, l'église abbatiale de Saint-Florent est transformée en prison où sont enfermés des milliers de Vendéens, y compris les femmes et les enfants. La plupart de ces prisonniers, dont la moitié de femmes et d'enfants, seront exécutés sommairement par les soldats républicains lors des fusillades du Marillais. Après la Révolution, le monastère est vendu en trois lots.

En 1890, l'architecte Alfred Tessier restitue l'ancien chœur à deux niveaux. L'édifice est inscrit au titre des monuments historiques en 1952, classé en 1974, inscrit en 1993 et classé en 19991.